Во времето на јаросната расправа на православните со еретиците монотелити, на 5 јули 649 година, свети Мартин беше посветен за папа. Тогаш царуваше Констанс II, внукот на Ираклиј, а цариградски патријарх беше Павле. Со цел да се воспостави мир во Црквата самиот цар го напиша списот „Гипос“, којашто многу им угодуваше на еретиците. Папата Мартин свика собор од сто и петмина епископи, на којшто овој царев спис беше осуден. Во исто време папата му напиша писмо на патријархот Павле, молејќи го да ја држи чистата православна вера и да го посоветува царот да ги остави еретичките мудрувања. Ова писмо ги разлути и патријархот и царот. Затоа царот испрати во Рим еден војвода Олимпиј, за да го доведе римскиот папа врзан во Цариград. Војводата не се дрзна да го врзе папата, туку наговори еден војник да го убие со меч в црква. Но, кога влезе војникот со скриениот меч во црквата, одеднаш ослепе. И со Божјата Промисла Мартин ја избегна смртта. Во она време пак, Сарацените напаѓаа на Сицилија и војводата Олимпиј замина за Сицилија и таму умре. Тогаш со сплетка на патријархот-еретик Павле, царот испрати друг војвода, Теодор, за да го врзе и да го доведе папата под обвинение дека тој, папата, стои во дослух со Сарацените и дека не Ја почитува Пресвета Богородица. Кога војводата стаса во Рим и го прочита обвинението против папата, овој одговори дека тоа е клевета, дека самиот нема никаква заедница со Сарацените коишто се противници на христијанството, „а оној што не ја почитува Пречиста Богородица и не ја исповеда и не и се поклонува, да биде проклет и на овој и на оној век“. Ова не ја измени одлуката на војводата. Тој го доведе папата врзан во Цариград, а таму свети Мартин мошне болен лежеше во затвор, мачен и исцрпуван со глад, додека најпосле не го осудија на прогонство во Херсон, каде што поживеа две години и издивна заради Господ во 655 година. Две години пред него умре во покајание Павле. И кога царот го посети пред смртта, тој ја заврте главата на другата страна и заплака исповедајќи дека многу грешеше против папата Мартин. Пред смртта Павле го молеше царот да го ослободи светиот папа Мартин.
